El grupo USC-GEN (ACUIGEN-USC) se ha centrado en el estudio de la evolución y organización de los genomas y en sus aplicaciones para la mejora de la acuicultura. Como Plataforma de Genómica y en colaboración con otras Plataformas a nivel internacional ha incorporado tecnologías de genómica estructural (mapeo, secuenciación), funcional (microarrays, RNA-seq, q-PCR) y comparada (genomas modelo). Ha llevado a cabo estudios sobre la disección genómica de rasgos productivos en acuicultura (crecimiento, determinación/diferenciación sexual, resistencia a patologías) y su aplicación mediante el desarrollo de marcadores para selección asistida/genómica a nivel industrial. ACUIGEN-USC ha consolidado colaboraciones estables con grupos y centros tecnológicos, así como con el sector industrial, que han permitido generar valiosos paneles muestrales bajo diferentes retos experimentales. Para ello, se ha establecido colaboración continuada con expertos en bioinformática, así como con patólogos veterinarios especialistas en la interacción patógeno-hospedador y respuesta inmunitaria. La colaboración con otros grupos de genética cuantitativa, reproducción, parasitología e inmunología integrados en los proyectos Consolider-Aquagenomics y en la posterior red, ha permitido desarrollar estrategias y recursos integrados para entender los mecanismos subyacentes a los caracteres de interés.
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2010. Design and performance of a turbot (Scophthalmus maximus) oligo-microarray based on ESTs from immune tissues. Marine Biotechnology 12: 452-465. Millán A, Gómez-Tato A, Fernández C, Pardo BG, Alvarez-Dios JA, Calaza M, Bouza C, Vázquez M, Cabaleiro S, Martínez P
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2011. Gene expression profiles of spleen, liver and head kidney in turbot (Scophthalmus maximus) along the infection process with Aeromonas salmonicida using an immune-enriched oligo-microarray. Marine Biotechnology 13: 1099-1114. Millán A, Gómez-Tato A, Pardo BG, Fernández C, Bouza C, Vera M, Alvarez-Dios JA, Cabaleiro S, Lamas J, Lemos ML, Martínez P.
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2011. QTL detection for Aeromonas salmonicida resistance related traits in turbot (Scophthalmus maximus). BMC Genomics 12: 541. Rodríguez-Ramilo ST, Toro MA, Bouza C, Hermida M, Pardo BG, Cabaleiro S, Martínez P, Fernández J.
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2012. Gene expression profiles of spleen, liver, and head kidney in turbot (Scophthalmus maximus) along the infection process with Philasterides dicentrarchi using an immune-enriched oligo-microarray. Marine Biotechnology 14: 570-582. Pardo BG, Millán A, Gómez-Tato A, Fernández C, Bouza C, Alvarez-Dios A, Cabaleiro S, Lamas J, Leiro JM, Martínez P.
2012. Exploitation of a turbot (Scophthalmus maximus L.) immune-related expressed sequence tag (EST) database for microsatellite screening and validation. Molecular Ecology Research 12: 706-716. Navajas-Pérez R, Robles F, Molina-Luzón MJ, De La Herrán R, Alvarez-Dios JA, Pardo BG, Vera M, Bouza C, Martínez P.
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2014. Analysis of qPCR reference gene stability determination methods and a practical approach for efficiency calculation on a turbot (Scophthalmus maximus) gonad dataset. BMC Genomics, 15: 648.Robledo D, Hernández-Urcera J, Cal RM, Pardo BG, Sánchez L, Martínez P, Viñas A.
2014. RNA-seq analysis reveals significant transcriptome changes in turbot (Scophthalmus maximus) suffering severe enteromyxosis. BMC Genomics 15: 1149.Robledo D, Ronza P, Harrison OW, Losada AP, Bermúdez R, Pardo BG, Redondo MJ, Sitjà-Bobadilla A, Quiroga MI, Martínez P.
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2009. Analysis of the gonadal transcriptome during sex determination, sex differentiation and gonadal maturation in the sea bass (Dicentrarchus labrax) and turbot (Scophthalmus maximus) by 454 sequencing and two specific oligo-based microarrays. Fourth HCSNet Next-Generation Search Technology Workshop. Sidney, Australia. Abril. Ribas L., Crespo B., Gómez A., Pardo B. G., Reinhardt R., MacKenzie S., Martínez P., Zanuy S. y Piferrer F.
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2009. Búsqueda de variación genética en el rodaballo (Scophthalmus maximus) relacionada con la adaptación a diferentes condiciones de salinidad. II Jornadas de Conservación de la Diversidad Biológica. A Coruña. 24-25 de Septiembre. Vilas R., Bouza C., Vera M., Millán A. y Martínez P.
2009. Búsqueda de variación genética en el rodaballo (Scophthalmus maximus) relacionada con la adaptación a diferentes condiciones de salinidad. XII Congreso Nacional de Acuicultura. Madrid. 24-26 de noviembre. Vilas R., Bouza C., Vera M., Millán A. y Martínez P.
2009. Búsqueda de variación genética adaptativa en el rodaballo (Scophthalmus maximus) mediante un análisis de genómica poblacional. II Congreso de la Sociedad Española de Biología Evolutiva. Valencia. 29 Noviembre -2 de Diciembre. Vilas R., Bouza C., Vera M., Millán A. y Martínez P.
2009. Analysis of the gonadal transcriptome during sex determination, sex differentiation and gonadal maturation in the sea bass (Dicentrarchus labrax) and turbot (Scophthalmus maximus) by 454 sequencing and two specific oligo-based microarrays. Next Generation Sequencing 2009 International Meeting. Barcelona, 1-3 Octubre. Ribas L., Crespo B., Gómez A., Pardo B. G., Reinhardt R., MacKenzie S., Martínez P., Zanuy S. y Piferrer F.
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2010. Consolidación del mapa genético de rodaballo: identificación de QTL y genes candidatos relacionados con caracteres productivos. XVIII Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución. Guitiriz (Lugo). 5-7 Mayo. Martínez P., Bouza C., Pardo BG., Vilas R., Álvarez-Castro JM., Vera M., Hermida M., Fernández C., Millán A., Viñas A., Taboada X., Vale L., Pino-Querido A., López A., Sánchez L., Toro MA., Fernández J., Cerna A., Álvarez-Dios JA., Gómez-Tato A., Calaza M., de la Herrán R., Navajas R y Ruiz-Rejón M
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2011. Gene expression profiles of spleen, liver and head kidney in turbot (Scophthalmus maximus) along the infection process with Philasterides dicentrarchi using an immune-enriched oligo-microarray. GIA-Genomics in Aquaculture International Symposium (Heraklion, Creta, Grecia). Martínez P
2011. Mapping of DNA sex-specific markers and genes related to sex differentiation in turbot (Scophthalmus maximus). GIA-Genomics in Aquaculture International Symposium (Heraklion, Creta, Grecia).Viñas A, Taboada X, Vale L, Robledo D, Hermida M Vera M, Martínez P
2011. Pyrosequencing strategy to increase database resources in the turbot (Scophthalmus maximus) gonads. GIA-Genomics in Aquaculture International Symposium (Heraklion, Creta, Grecia). Ribas L, Pardo BG, Fernandez C, Alvarez-Dios JA, Gómez-Tato A, Martínez P, Piferrer P
2011. Detecting QTL for disease resistance in turbot. GIA-Genomics in Aquaculture International Symposium (Heraklion, Creta, Grecia).Rodríguez-Ramilo ST, Fernández J, Toro MA, Bouza C, Hermida M, Pardo BG, Cabaleiro S, Martínez P
2011. Consolidation of the turbot (Scophthalmus maximus) genetic map by using EST-linked markers. GIA-Genomics in Aquaculture International Symposium (Heraklion, Creta, Grecia). Bouza C, Hermida M, Pardo BG, Vera M, Herrán R, Navajas R, Álvarez-Dios JA, Gómez-Tato A, Martínez P
2011. Development and validation of a molecular tool for assessing triploidy in turbot (Scophthalmus maximus). GIA-Genomics in Aquaculture International Symposium (Heraklion, Creta, Grecia). Hernánez-Urcera J, Vera M, Magadán S, Pino-Querido A, Cal R, Martínez P
2011. Construction of a BAC library from turbot, Scophthalmus maximus, and identification of clones containing the candidate sex-determining gene. GIA-Genomics in Aquaculture International Symposium (Heraklion, Creta, Grecia).Pardo BG, Bouza C, Cal RM, Martínez P
2011. Analysis of male and female brain expression of turbot (Scophthalmus maximus) by cDNA-AFLP technique. GIA-Genomics in Aquaculture International Symposium (Heraklion, Creta, Grecia).Taboada X, Martínez P, Viñas A
2011. Detection of growth-related QTLs in turbot (Scophthalmus maximus). Meeting of the European Association for Animal Production. Stavanger, Noruega.Sánchez-Molano E, Cerna A, Toro MA, Fernández J, Hermida M, Bouza C, Pardo BG, Martínez P
2011. Uso de la pirosecuenciación para aumentar los recursos genéticos de la base de datos de rodaballo (Scophthalmus maximus) en gónadas y cerebro. XIII Congreso Nacional de Acuicultura (Barcelona).Ribas L, Pardo BG, Fernández C, Alvarez-Dios JA, G-Tato A, Planas J, Martínez P, Zanuy S, Piferrer F
2012. First genetic map for comparative mapping and QTL screening of brill (Scophthalmus rhombus). 11th International Symposium on Genetics in Aquaculture. Auburn, Alabama (USA) 24-30 Junio. Hermida M, Rodríguez-Ramilo S, Hachero-Cruzado I, Herrera M, Bouza C, Fernández J, Martínez P
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2012. Construction of a BAC library from turbot, Scophthalmus maximus, and identification of clones containing candidate sex-determining gene. 11th International Symposium on Genetics in Aquaculture. Auburn, Alabama (USA) 24-30 Junio. Pardo BG, Taboada X, Cal RM, Bouza C, Viñas A, Martínez P
2012. Gene mining for growth QTL in turbot Scophthalmus maximus: comparative mapping and family association analysis. AQUA2012, Praga (República Checa). 1-5 Septiembre. Sciara A, Hermida M, Alvarez-Dios JA, Arranz S, Fernández J, Rodríguez-Ramilo S, Fernández C, Martínez P, Bouza C
2012. miRNA identification and target gene prediction in the turbot Scophthalmus maximus. AQUA2012, Praga (República Checa). 1-5 Septiembre. Martin AP, Alvarez-Dios JA, Fernández C, Sciara A, Pardo BG, Bouza C, Martínez P
2012. Screening a BAC library to identify linkage group specific clones in turbot Scophthalmus maximus. AQUA2012, Praga (República Checa). 1-5 Septiembre. Bouza C, Pardo BG, Hermida M, Taboada X, Viñas A, Martínez P
2013. Fine mapping of the major sex-determining locus in turbot (Scophthalmus maximus L.). The 3rd International Symposuim Genomics in Aquaculture – GIA 2013. Bodo (Noruega) 4-6 Septiembre.Taboada X, Hermida M, Pardo BG, Vera M, Piferrer F, Viñas A, Bouza C, Martínez P
2013. Gene expression analysis during sex differentiation in turbot gonad of fish reared at three different temperatures. The 3rd International Symposuim Genomics in Aquaculture – GIA 2013. Bodo (Noruega) 4-6 septiembre. Robledo D, Hernández Urcera J, Cal R, Sánchez L, Martínez P, Viñas A.
2013. BAC library screening for physical and cytogenetic assignment of BAC clones to the linkage map of turbot (Scophthalmus maximus L.). The 3rd International Symposuim Genomics in Aquaculture – GIA 2013. Bodo (Noruega) 4-6 Septiembre.Taboada X, Pansonato-Alves JC, Foresti F, Martínez P, Viñas A, Pardo BG, Bouza C
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2015. Gene expression analysis at the onset of sex differentiation in turbot (Scophthalmus maximus) at different rearing temperatures. ISGA XII-The International Symposium on Genetics in Aquaculture. Santiago de Compostela. 21-27 Junio. Robledo D., Ribas L., Cal R., Sánchez L., Piferrer F., Martínez P. & Viñas A.
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2015. microRNA identification and characterization in turbot (Scophthalmus maximus). ISGA XII-The International Symposium on Genetics in Aquaculture. Santiago de Compostela. 21-27 Junio.Robledo D., Martin A.P., Álvarez-Dios J.A., Pardo B.G. & Martínez P.
2015. Integration of genomic, RNA-Seq and QTL resources identifies variation in candidate genes for growth in turbot (Scophthalmus maximus L.). ISGA XII-The International Symposium on Genetics in Aquaculture. Santiago de Compostela. 21-27 Junio. Robledo D., Fernández C., Hermida M., Sciara A., Arranz S.E., Álvarez-Dios J.A., Caamano R., Álvarez-Castro J.M., Nettelblad C., Martínez P. & Bouza C.
2015. Compilation of QTL for resistance to bacterial, parasitic and viral diseases in turbot (Scophthalmus maximus). ISGA XII-The International Symposium on Genetics in Aquaculture. Santiago de Compostela. 21-27 Junio. Rodríguez-Ramilo S.T., de la Herrán R., Ruíz Rejón C., Hermida M., Fernández C., Pereiro P., Novoa B., Figueras A., Bouza C., Toro M.A., Martínez P. & Fernández J.
2015. Validation of growth-related QTL for marker assisted selection in turbot (Scophthalmus maximus). ISGA XII-The International Symposium on Genetics in Aquaculture. Santiago de Compostela. 21-27 Junio. Sciara A.A., Rodríguez-Ramilo S.T., Hermida M., Gómez-Tato A., Fernández J., Bouza C. & Martínez P.
2015. Transcriptomic study of gonadal sex differentiation in turbot (Scophthalmus maximus) using a species-specific microarray enriched with reproduction-related genes. ISGA XII-The International Symposium on Genetics in Aquaculture. Santiago de Compostela. 21-27 Junio. Ribas L., Robledo D., Gómez-Tato A., Viñas A., Martínez P. & Piferrer F.
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2016. Gene expression and SNP variation associated with extreme growth phenotypes in turbot (Scophthalmus maximus). 4th International Symposium in Aquaculture-GIA 2016. Atenas (Grecia). 20-22 April .Robledo D., Rubiolo J., Cabaleiro S., Martínez P. & Bouza C.
2016. Integration of flatfish (Pleuronectiformes) genomic resources: a useful information for breeding programs and comparative evolution. 4th International Symposium in Aquaculture-GIA 2016. Atenas (Grecia). 20-22 April. Robledo D., Rubiolo J., Hermida M., Fernández C., Bouza C. & Martínez P.
2016. Development of a SNP panel on turbot (Scophthalmus maximus) sex determining region. 4th International Symposium in Aquaculture-GIA 2016. Atenas (Grecia). 20-22 April. Viñas A., Taboada X., Robledo D., Bouza C. & Martínez P.
2016. Population genomics of turbot (Scophthalmus maximus) along its whole distribution range: evidences of divergent selection under different temperature and salinity regimes. 4th International Symposium in Aquaculture-GIA 2016. Atenas (Grecia). 20-22 April. Prado F.D., Hermida M., Pardo B.G., Vera M., Vilas R., Maes G., Taggart J., Volckaert F., Bouza C. & Martínez P.
2016. Genetic structure and molecular traceability of turbot Scophthalmus maximus in the wild: towards a sustainable aquaculture.Aquaculture Europe16. Edimburgo (Escocia - UK). 20-23 Septiembre. Martínez P., Prado F.D., Hermida M., Vera M., Pardo B.G., Bouza C., Vilas R., Taggart J., Carr A., Maes G., Volckaert F., Orgen R., AquaTrace Consortium
2016. Whole genome sequencing of turbot (Scopththalmus maximus): Adaptation to demersal life and signatures of selection across its distribution range. XXI Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución. Sitges (Barcelona), 3-5 Octubre. Martínez P., Bouza C., Rubiolo J.A., Prado F.D., Vera M., Robledo D., Hermida M., Taboada X., Vilas R., Fernández C., Pardo B.G., Viñas A., The Aquatrace Consortium, The Turbot Genome Consortium
XII International Symposium on Genetics in Aquaculture (ISGA XII), organizado por el grupo ACUIGEN-Genética USC (P. Martínez, C. Bouza, A. Viñas, B.G. Pardo, L. Sánchez) en Santiago de Compostela (21-27 de Junio de 2015)
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2010. Adrián Millán Pérez. Universidade de Santiago de Compostela.“Desarrollo de un microarray para la identificación de genes de resistencia a patógenos de interés industrial en rodaballo (Scophthalmus maximus)”. Sobresaliente “Cum laude”. Directores:Martínez P, Pardo BG, Gómez-Tato A
2016. Xoana Taboada Penoucos. Universidade de Santiago de Compostela.“Structural and functional analysis of genes involved in sexual determination/differentiation in turbot (Scophthalmus maximus)”.Sobresaliente “Cum laude”. Mención de Doctorado Internacional. Directores Viñas AM, Martínez P.
2016. Diego Robledo Sánchez. Universidade de Santiago de Compostela.“Study of genetic factors and temperature influence on sex determination and differentiation in turbot”.Sobresaliente “Cum laude”. Mención de Doctorado Internacional. Directores Viñas AM, Martínez P
Organización del Seminario “NGS (Next Generation Sequencing) en Acuicultura” el 21 de Octubre de 2016 en la Facultad de Veterinaria de Lugo, en el que se impartieron las siguientes charlas:
- CHARLA INVITADA. Manuel Manchado Campaña. Instituto de Investigación, Formación Agraria y Pesquera, Junta de Andalucia (IFAPA). Centro El Toruño, Cádiz. "Aplicaciones NGS en la acuicultura del lenguado”
- PONENCIA INVITADA. Diego Robledo Sánchez. Roslin Institute, Universidad de Edimburgo. "Resistencia a enfermedades en salmón: de la secuenciación a la granja".
Xunta de Galicia (09MMA011261PR). “Marcadores genéticos para caracteres de interés industrial en rodaballo (Scophthalmus maximus): Rastreo en base de datos de ESTs y genoteca de BACs”.
Ministerio de Ciencia e Innovación (AGL2009-11782).“Detección de variabilidad genética en poblaciones naturales de rodaballo (Scophthalmus maximus) relacionada con la respuesta inmune y la adaptación a diferentes condiciones ambientales”.
Ministerio de Ciencia e Innovación (AGL2009-13273). “Extensión del análisis genómico estructural en el rodaballo: Mapeo comparativo e integración del mapeo genético, cromosómico y físico”.
Ministerio de Ciencia e Innovación (AGL2010-22326-C02-01). “Efecto de la temperatura y de los factores genéticos sobre la determinación sexual en el rodaballo. Subproyecto: Determinación de los efectos genéticos y su interacción con la temperatura de cultivo sobre la proporción de sexos en rodaballo”.
Proyectos de Investigación aplicada (Fondo María Viñas) Gobierno de Uruguay (PR_FMV_2009_1_2793). “Generación de tecnologías genómicas optimizando el mejoramiento genético del bagre sudamericano Rhamdia cf. quelen y el pejerrey (Odontesthes spp.) para su cultivo en emprendimientos productivos de Uruguay”.
Xunta de Galicia (10MMA200027PR). “Análisis estructural y funcional de genes candidatos relacionados con la diferenciación sexual y pubertad en rodaballo (Scophthalmus maximus)”.
SEVENTH FRAMEWORK PROGRAMME – KBBE.2012.1.2.-12 (ref. 311920). “The development of tools for tracing and evaluating the genetic impact of fish from aquaculture(AQUATRACE)”.
Ministerio de Economía y Competitividad (AGL2012-35904). “Análisis genómico integrado de la tasa de crecimiento en rodaballo: transferencia a programas de mejora genética del sector”.
FAPESP (Estado de Sao Paulo -Brasil) (FAPESP 2013/07560-1). “Estudos populacionais de atum amarelo (Thunnus albacares) e bonito (Sarda sarda) (Perciformes: Scombridae) empregando a técnica de bibliotecas de representação reduzida “.
Gobierno Argentino (ANPCyTPID 020/2013). “Desarrollo de herramientas genómicas para la gestión del cultivo de pacú y pejerrey”.
Gobierno de Brasil Convocatoria Ciencias sem Fronteiras CNPQ (Brasil) (CNPQ 401205/2012-6). “Estudo da variabilidade genetica e colonizacao em raias de agua doce (Chondrichthyes, Potamotrygonidae) por marcadores moleculares “.
SEVENTH FRAMEWORK PROGRAMME – KBBE-2013-7-single-stage (ref. 613611).“Improving European aquaculture by advancing selective breeding to the next level for the six main finfish species (FISHBOOST)”.
Ministerio de Economía y Competitividad. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad (AGL2014-57065-R). “Identificación del gen maestro determinante del sexo en rodaballo: aplicaciones industriales para la obtención de poblaciones todo hembra”.
Proyectos de Investigación aplicada (Fondo María Viñas) Gobierno de Uruguay. “Desarrollo de marcadores genómicos para la trazabilidad poblacional y genealógica en el bagre negro Rhamdia quelen de aplicación en programas de mejora genética”.
Ministerio de Economía y Competitividad. Programa Estatal de I+D+i Orientada a los Retos de la Sociedad (AGL2015-67039-C3-3-R). “Enteromyxosis en rodaballo: diagnóstico precoz y análisis de los cambios en la fisiología del tubo digestivo mediante estudio de expresión génica con RNA-seq (Subproyecto)”.
CDTI-AQUICULTURA BALEAR, S.A.U. (ABSA, S.A.U.) (2008/CE798). “Programa de selección genética apoyado en marcadores moleculares para la mejora del cultivo de dorada en la empresa ABSA, S.A.U”.
CDTI-AQUICULTURA BALEAR, S.A.U. (ABSA, S.A.U.) (2011-CE035). “Programa de selección genética para la mejora de la producción en dorada y en lubina en la planta de ABSA, S.A.U”.
CDTI-ALROGAL, S.A.U. (2011-CE032). “Programa de selección xenética apoiado en marcadores moleculares para a mellora do cultivo de rodaballo na planta de Alrogal”.
CDTI-AQUICULTURA BALEAR S.A.U. (ABSA S.A.U.) (2014-CE285). “Programa de selección genética para la mejora de crecimiento en dorada (Sparus aurata, L.); evaluación del progreso genético alcanzado”.
CDTI-STOLT SEA FARM S.A. (2015-CE203). “Avances biotecnológicos en la reproducción, genética y sanidad del lenguado” (BIOTECLEN).
SAFIESTELA S.A. (2015-CE244). “Diseño y desarrollo de un plan de selección genética para la mejora de producción de lenguado (Solea senegalensis)”.
CDTI-AQUICULTURA BALEAR S.A.U. (ABSA S.A.U.) (2017-CE092). “Implementación de herramientas genómicas, morfométricas y epigenéticas para mejorar el cultivo de lubina (Dicentrarchus labrax L.) en la planta de ABSA, S.A.U.”.
Servicios de análisis genético para seguimiento y mejora de los planes de selección de empresas del sector acuícola (INSUIÑA SL, STOLT SEA FARM SA, CULMAREX SA, NUEVA PESCANOVA SL)
Dr. Roberto Bermúdez Pose visitó el grupo de Anatomía Patológica Veterinaria-USC adscrito al grupo USC-GEN en el Institute of Marine and Antartic Studies (IMAS) de la Universidad de Tasmania, Australia desde el 05/09/2016 a 05/12/2016
Dra. Alicia Felip Edo visitó el grupo ACUIGEN-Genética-USC en Lugo desde el 19/07/2016-30/07/2016.
Manuel Manchado Campaña visitó el grupo ACUIGEN-Genética-USC en Lugo desde el 20/07/2016-21/07/2016.
2015. Genómica aplicada para la mejora de la producción en Acuicultura. Ciclo de Charlas e Mesas de Debate. Avances en Acuicultura (XVIII Avances en Ciencia e Tecnoloxía 2015). Santiago de Compostela. 11 Noviembre. Martínez P.
2016. Mejora genética en Acuicultura. Ciclo Galicia a la Vanguardia de la Investigación Marina. Casa de Galicia. Madrid. 7 Marzo. Martínez P.