La acuicultura es importante para España debido a la disminución de las pesquerías ya la creciente demanda de proteínas de origen acuático. Sin embargo, las herramientas biotecnológicas recién desarrolladas ("tecnologías biométricas") todavía no se están aplicando plenamente en este campo en España. Por lo tanto, el proyecto Aquagenomics se centrará en el desarrollo de nuevas herramientas genómicas y su aplicación a experimentos propuestos por algunos de los grupos de investigación españoles más relevantes en este campo para investigar las bases moleculares de: i) resistencia a enfermedades, ii) crecimiento y iii) reproducción. Las especies seleccionadas para estos estudios son el turbot (Scophthalmus maximus), la dorada (Sparus aurata) y la lubina (Dicentrarchus labrax), los más importantes en la acuicultura marina actual en España.